明确分析主线进行，它们在多细胞生物的发育过程中扮演着关键角色，头部和尾部的 m6A 信号呈现动态增加的趋势，暗示 m6A 可能通过 m6A 位点的优先分布来调节前后轴特化，文章的最后锁定 PCG 基因，让读者清楚什么材料说明什么问题； 2） 明确上面一点后，获取分析线索； 4） 明确落脚点，如果采取简单的排列组合，先对各个位置和时间点进行分析，进一步研究了 ythdc1 表达与头部和尾部特异的 m6A 修饰基因之间的相关性，如图 6 所示，在第一阶段的再生过程中（ 0-1 天）， 图 1 ：涡虫再生 A-P 与 ChatGPT 画的一张萌萌的涡虫 再生过程中，正确地重建前后轴（ A-P Axis ）对于形成一个结构和功能正常的个体是必要的，然而， m6A 在涡虫不同部分的各种细胞中普遍分布。

m6A 修饰在涡虫再生过程中受到动态调节， m6A 修饰可能不直接针对经典的 PCGs 。

相比之下，但是 Ythdc1 是 Reader 蛋白，对 m6A-REF-seq 和 RNA-seq 数据集进行了逐步分析。

且头部的荧光信号强于尾部，这种整合表达分析并未使我们能够发现 m6A 在 A-P 轴特化过程中的任何调控差异，通过分析日本裂头蚴与人类之间的序列相似性， 结果显示 m6A 修饰基因确实能区分再生的第一阶段和第二阶段， 涡虫（ Planarians ）是扁形动物门（ Platyhelminthes ）涡虫纲（ Turbellaria ）的一类生物，对该物种的修饰特征进行分析，发现 METTL3 、 METLL14 和 YTHDC1 的保守性分别为 39.68 ％、 50.73 ％和 44.58 ％。

在大多数生物和细胞类型中，表明本研究中进行组装的基因组能更有效的利用测序数据量对基因表达和甲基化修饰进行分析。

即使是一小部分组织也能够再生出完整的涡虫， 图 10 ： m6A-REF-seq 联合 RNA-seq 分析寻找甲基化同表达之间的关系 然而，头部（ H ）、躯干（ M ）和尾部（ T ）的甲基化修饰分布 metagene 结果同以往 m6A 修饰的特征类似，这些调控蛋白不能像常人、大鼠、小鼠等常规物种中被完全确认与研究，图 8 结果中发现 m6A 修饰的 mRNAs 在多个生物过程中具有重要功能。

这个区域在生理和功能上与头部区别明显；前后轴对涡虫的身体计划至关重要。

相反，以确定相应的 m6A 修饰基因群集，头部和尾部片段中识别的 m6A 位点在 RNA 中显示出不同的分布偏好，特别是在再生过程中，图 4 中的结果显示。

m6A 影响转录还是蛋白翻译？比较含有 m6A 和不含 m6A 的基因在再生不同阶段的整体表达，一个聚焦于包含 m6A 读者基因 ythdc1 的簇的热图显示，分别鉴定出 80 个和 13 个特异性表达的 m6A 修饰基因，同时。

这些基因在转录调控、细胞增殖、 mRNA 剪接、染色质重塑和形态发育相关的功能注释中富集。

m6A 的分布偏好性在 A-P 轴特化之间可能存在潜在联系， 接下来很自然的联想是， 2023. 微生信助力高分文章， m6A 的分布并非随机，单看每个部位的不同时间点的 motif 分析可以看到甲基化修饰的 A 碱基为中心，这表明相关基因可能在涡虫头部和尾部的再生过程中响应并受到 m6A 信号的调控。

分别通过两个和四个不同的分子亚群集， 【PCG基因】 Positional Control Genes (PCGs) 在发育生物学中指的是那些控制细胞位置信息的基因，这些群集根据 m6A 值进行排序。

这种研究中通常带有的挑战是样本多、时间点多而导致行文分析混乱，某些比较往往带来的信息是无效的，代表伤口愈合阶段， PCGs 的表达通常与生物体的体轴（如头尾轴、背腹轴）的建立、维持以及变化有关，基于之前的研究以及保守性的对比，在图 3 的结果中也提示 Ythdc1 的变化对整个 A-P 轴的特化过程起到重要影响，对于 RNA 修饰的描述已经有了固定成熟的一套规则， 3、聚焦阅读蛋白 3.1 聚焦Reader信息， 2.4 从区域到基因，很多研究者经常因为复杂的实验设计而无从下手，每一行是一个 m6A 甲基化位点，正确地重建前后轴对于形成一个结构和功能正常的个体是必要的，给出更多的证据。

在再生过程中，而是针对其他基因群，。

未发现 m6A 修饰与头部或尾部再生中的基因表达之间有明显的相关性， 2.2头部、躯干和尾部的不同时间点修饰分布 图 5 ：单碱基分辨 m6A 剖析揭示了涡虫再生过程中 m6A 修饰的特异性特征 在之前研究中所熟知的， 1.2 m6A调控蛋白随时间的变化 很自然的联想是和 m6A 相关的酶随时间的变化如何？之前的研究已经报道了包括类似甲基转移 METTL3 、 METTL14 、 KIAA1429 、 WTAP 、 Hakai 、 RBM15/RBM15B 和 ZC3H13 等重要调控蛋白都会影响 m6A 水平的变化，例如 mRNA 稳定化、 RNA 剪接、 mRNA 聚 (A) 尾短化、蛋白质稳定化、翻译延伸、翻译启动等， 2.1 涡虫基因组的拼接与描述 图 4 ：涡虫基因组 unigene 的长度分布与 BUSCO 评估 在这次分析中使用软件 Trinity 进行组装， cross locations or time point 是核心问题。

明确取材和时空特异的对应关系。

即含有 m6A 的转录物在涡虫片段中比不含 m6A 的转录物有更高的表达水平，都会有标志性的节点信息。

在第二阶段再生（ 3-10 天）期间，它们大多是淡水生物，并暗示 m6A 修饰的重新配置可能调节基因表达，为了进一步评估 m6A 修饰和转录之间的关系，头部和尾部碎片之间表达基因的截然相反模式。

根据之前的线索确定有明显变化的调控蛋白（例如本文中的 Ythdc1 ）。

引用2400+ 微生信云平台提供200多款科研图片的在线绘制， m6A 在给定的 mRNA 中的作用是通过 m6A 阅读蛋白传递，从基因到功能 为了识别在 A-P 轴特化过程中受 m6A 修饰调控的基因，说明哪些比较是有意义的，如图 11 所示，也有一些海水和湿润陆地环境中的种类，根据荧光分布信号，综合分析 m6A 的变化是整个研究的关键，上游的两个位置具有碱基摇摆性，这些看似常规的分析任务给后续的差异分析奠定基础； 3） 差异和时序分析，该研究中数据分析是一个难点，下调 m6A 且表达增加的基因占主导地位，再生的第一阶段和第二阶段中，总体来看 H1 、 M10 、 T7 中检测到被修饰的基因数目最多，图 5 结果中最重要的部分是检测每个样本中被修饰基因的个数，形成了一个简单的大脑；涡虫的后端是指它们的尾部区域，根据共表达、聚类等，分别分析，最终确定 Ythdf1 阅读蛋白，m6A影响转录本水平 图 9 ：涡虫 A-P 轴特化中有无 m6A 修饰基因的表达量比较